박해는 도미티아누스가 정적들에 의해 암살당하는 사건으로 말미암아 일시 중단되었다. 그러나 로마제국은 예수 신앙을 여전히 불법으로 단정했다. 로마의 옛 신들을 예배하게 하고 황제의 상 앞에 절을 하고 향과 포도주를 바치게 했다.

2세기 초에 이르러 황제 트라야누스 통치 하에서 제3차 박해가 일어났다. 폴리니는 오늘날의 터키 북부 해안에 자리잡은 비티니아 지역 총독이었다. 자기 통치 관할 지역 안에 살고 있는 다수의 기독인들이 로마가 불법으로 규정하는 예수 신앙을 신봉함을 알고, 구체적인 조사에 착수했다. 자기 관할 지역 안의 신전들이 거의 폐기되고, 제물을 사는 자가 별로 없었기 때문이다.

총독은 죄상을 자세히 파악한 뒤 ‘기독인’ 또는 ‘기독 신자’라는 것밖에 다른 범죄 사실이 없음을 간파했다. 해괴하게도 나무에 달려 처형된 죄수를 구원자로 믿고 신처럼 찬양하고 예배하지만, 절도와 간음과 부도덕한 죄를 범하지 않으며, 이웃을 사랑하며 공동식사를 하려고 모이는 특징을 확인했다. 총독은 다만 ‘기독인’이라는 이유가 범죄 성립의 근거가 되는지 알고 싶었다. 황제에게 보고서와 질문서를 보내고 답신을 기다렸다. 기독인들에 대한 관용 정책을 기대한 것처럼 보인다.

황제는 답신에서 “고의적으로 기독인들을 색출하여 처형할 필요는 없다. 그러나 일단 고발하는 자가 있으면 개정의 정이 보이지 않는 한 반드시 처벌하라”고 명했다. "기독인들은 나쁜 본보기이다. 우리의 시간을 낭비할 가치조차 없는 인간들이다. 죄에 대한 변명을 받아주지 말라”고 했다. 로마의 신들에게 예배하는 공공 행사에 참여하여 예배하는 기독인은 용서하라고 지시했다. 제국의 권위에 충성을 보이는 행동을 표하면 살려주고, 로마의 신, 곧 황제에 대한 예절을 거부하는 자들, 국민의례를 하지 않는 자들은 처벌하라는 것이었다.

정치 지배층은 예수 신앙을 황제숭배―국민의례 거부를 통치권에 대한 항거로, 제국 인민의 정신적인 통일을 꾀하려는 황제의 동화정책을 거부하는 행위로 인식했다. 총독은 기독인들에게 로마의 신들에게 제사를 드리고, 황제의 조상(彫像)에 향불을 피우라고 명했다. 상을 향하여 절을 하면서 외치라고 했다. 

“가이사는 주님이시다.”

신(神)인 황제의 상에 제물을 바치는 자, 그리스도에 대한 신앙을 버리는 자는 석방시켜 주었다. “기독인인가?” 하고 3번 물은 뒤 “그렇다”고 답하면 즉각 처형했다. 통치자들은 예수 신앙인들의 완고한 신앙, 굽힐 줄 모르는 고집을 미워했다. 그들도 인간 목숨의 고귀함을 알았기 때문이다.

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